Il palazzo dell’Archiginnasio fu costruito fra il 1562 ed il 1563 per volere del Legato pontificio di Bologna, il cardinale Carlo Borromeo e del Vicelegato Pier Donato Cesi, su progetto dell’architetto bolognese Antonio Morandi detto Terribilia. Lo scopo dell’operazione, maturata nel clima culturale del Concilio di Trento, era quello di dare una sede unitaria all’insegnamento universitario fino allora disperso in varie sedi. La parte dedicata alla Biblioteca non è accessibile per le visite turistiche.  

La sala, chiamata Teatro per la caratteristica forma ad anfiteatro, fu progettata nel 1637 per le lezioni anatomiche dall'architetto bolognese Antonio Paolucci detto il Levanti, scolaro dei Carracci.

La ricchissima decorazione dell’Archiginnasio costituisce il maggior complesso araldico murale esistente, ed ha suscitato l’ammirazione di visitatori e studiosi di tutti i tempi.