Gli scaloni

Gli ambienti interni del palazzo e i due ampi scaloni che collegano il cortile al piano superiore sono suddivisi fra le due distinte universitates dei Legisti e degli Artisti.
A sinistra è lo scalone degli Artisti, con la memoria per il medico Venceslao Lazzari, dipinta nel 1601 da Lionello Spada, raffigurante un ornato di finto macigno con puttini e figure allegoriche. L'affresco, oggi scialbo e degradato, è un esempio di quel genere di pittura a finta architettura scenografica che ebbe ampia diffusione a Bologna.
A destra è lo scalone dei Legisti, con il monumento dedicato a san Carlo Borromeo, cardinale legato di Bologna negli anni della fondazione dell'Archiginnasio. L'affresco (1610-1612) si deve al pennello di Giovanni Luigi Valesio, e rappresenta quattro figure femminili indentificabili con Fede, Speranza, Carità e Temperanza (sulla destra la Carità offre il seno a due bimbi affamati) . Gli stemmi che incorniciano il tutto sono quelli dei consiglieri dei Legisti negli anni 1610 e 1611.